行政院公民投票審議委員會29日以十二票反對、八票贊成，否決民主進步黨提出的「以台灣名義加入聯合國公投」案。公審會委員高永光說，提案內容相互矛盾且加入聯合國是已在推動的政策，因此予以駁回。此事已經引起全民公憤，公審會是否正在執行中國阻擾台灣加入聯合國的前鋒，值得絕對的高度質疑。
無法接受公審會決議，七位綠營推薦公審會委員李明峻、黃玉霖、羅致政、蔡憲浩、陳其邁、徐永明、江蓋世宣布即日起請辭。投贊成票的台聯推薦委員錢林慧君沒有辭職，表示要留下來繼續監督。
公審會會議進行兩個小時，會後由高永光對外說明表決結果。他轉述投反對票委員的發言說，有委員引用公投法第十四條第一項第四款「提案內容相互矛盾或顯有錯誤，致不能瞭解提案真意，應予以駁回」，認為「以台灣名義加入聯合國公投」不能瞭解真正意思，應該不予認定。
高永光說，有委員認為公投法第二條規定「全國性公民投票適用重大政策之創制或複決」，以台灣名義加如聯合國是已經在推動的政策，需要再公投？
他表示，也有委員提到，聯合國是主權國參加的組織，若把台灣當做國名，申請加入聯合國，牽涉修憲問題，應該先由立法院提修正案。投反對票的胡祖慶說，反對更改國號，未來有類似提案，他都會投反對票。
投贊成票的錢林慧君則說，公審會只是審查程序不能進行實質審查，有必要推動以台灣名義加入聯合國公投，讓全民了解加入聯合國的重要性。支持公投案的黃玉霖認為，公審會不能以公投法第十四條否決該提案，不能擴權，應該儘量協助人民處理推動公投案，而不是阻撓。
依規定，公審會否決提案後，無法再進行第二階段連署，高永光表示，若民進黨不接受公審會決定，可以尋正常救濟程序；至於國民黨擬推動「重返聯合國及加入其他國際組織公投」與民進黨公投提案類似，是否會成案，他說，應就個案認定。
公審會有二十一位委員，中午出席會議的有二十位，委員張捷隆缺席。八位投下贊成票的委員包括陳其邁、蔡憲浩、羅致政、徐永明、李明峻、黃玉霖、江蓋世、錢林慧君；十二位投反對票的委員有馬傑明、張瓊玲、詹中原、葛永光、朱新民、周育仁、薛香川、廖風德、黃國鐘、胡祖慶、楊泰順、高永光。
公投案遭到公投審議委員會否決後，民進黨主席游錫堃立即召開記者會，痛批公投審議委員會不顧台灣絕大多數民意，駁回此案的真正理由是認同中國、支持終極統一，為了捍衛人民的權益及台灣民主，他將在下星期向行政院訴願委員會提起訴願。
游錫堃說：『他們真正的原因就是要否決台灣、連結中國、終極統一，真正的原因就是意識形態在作祟。為了要捍衛人民的權益，為了要捍衛台灣的民主，也為了要讓台灣能夠早日參加聯合國，所以我決定要提起訴願，我們要向行政院來提起訴願。』
游錫堃並批評，國民黨計劃提出有關重返聯合國及國際組織的公投案，不但違反了台灣人民的意志與期待，也落入一中代表權的爭奪戰，承認台灣是中國的一部分。秘書長林佳龍則表示，中華民國在聯合國已被取代，不可能談重返，國民黨是要以一個無法成功的議題模糊焦點，阻止台灣向國際發聲。
民進黨總統參選人謝長廷競選辦公室執行總幹事李應元也指出，公投審議委員會應該只做形式上的審查，而不是進行實質審查，更沒有資格審核人民決定國家重要事務的權利。審議委員會駁回此案，不但違反了民主潮流，也違反了民意，讓他覺得荒謬至極。
為趕上在總統大選時合併舉辦這項公投，即使訴願成功，最壞的打算也要在一星期內完成百萬人連署，以跨過第二階段門檻。因此，民進黨希望訴願委員會能速審速決，讓此案儘速進入第二階段連署。
行政院發言人謝志偉表示，公審會由政黨比例組成，做出的決定代表政黨，非公審會；投反對票的十二位委員否決一千多萬公民與民選政府的權利，行政院要表達不滿、憤怒與抗議。
謝志偉表示，公審會以政黨比例組成，國民黨與親民黨反對民進黨提出的公投，此舉與國民黨秘書長吳敦義近日訴諸輿論「推動重返聯合國及加入其他國際組織公投」，背道而馳。
他說，國民黨四年前對公投抵死不從，之後順應潮流，不得不同意公投是人民不可讓渡的權利，這些都值得肯定，但從這次表決來看，公審會是依政黨比例組成，做出的決定不代表行政院、公審會，而是代表政黨。
謝志偉表示，十二位投反對票的委員剝奪民選政府提案的可能性，也剝奪人民同意政府提案的可能性，與公民權利背道而馳。
他認為，國民黨對民主人權陽奉陰違，若十二位委員持反對立場，應該在公投時投下反對票，不能在公審會階段否決，讓別人無法表達反對，這和公投精神完全相反。
謝志偉指出，國民黨主張加入聯合國要務實、實際，運作時卻反對以台灣名義申請加入，「名為連結台灣，實為背棄」。
陸委會發言人劉德勳在例行記者會中表示，台灣作為一個主權獨立國家，有權參與聯合國，但台灣自一九九三年推動參與聯合國以來，已經提案十四次，每次都遭中國蠻橫抵制，以致於無法列入聯合國大會議程。
劉德勳說，台灣積極參與國際的和平訴求超越統獨意識形態與狹隘的政治框架，也是不容剝奪的基本權利。陸委會今年四月的民意調查顯示，七成七的民眾贊成以台灣名義申請加入聯合國，充分反映台灣人民的主流意見。
他指出，長期以來，中國不斷建構「一個中國原則」，在國際、兩岸間製造混淆，企圖製造兩岸關係緊張，推行國際霸權外交，最終只是企圖達到消滅中華民國、併吞台灣的目標。
劉德勳表示，近年來，中國政府更以「法理台獨」的說法污名化台灣的民主發展，更以擴張軍備、武力威脅、制定「反分裂國家法」以及對台灣進行外交打壓與國際封殺，種種霸道作法已對兩千三百萬台灣人民的基本人權造成嚴重傷害，同時使台灣面臨中國「漸進式兼併」的危機。
他指出，台灣是國際社會不可或缺的重要成員，這塊土地上的兩千三百萬人民卻長期被中國以荒謬的理由與粗暴的手段，排除在關鍵的國際組織與國際空間外。
劉德勳說，過去經驗明確顯示，中國任何試圖破壞、干預台灣民主發展的作為，最後只會在台灣民意上適得其反，呼籲北京當局趁早揚棄泛政治化的思考模式，務實、正確理解台灣人民深化民主過程的努力，以免誤判兩岸情勢。
他表示，政府未來仍將以台灣主流民意為依歸，持續推動台灣加入國際組織，讓兩千三百萬人民的聲音能被世界聽見並肯定。
劉德勳指出，期盼朝野各界捐棄成見，攜手合作，讓台灣人民長久以來在國際空間上爭取基本人權的心願、反對中國蠻橫外交打壓的心聲，可以早日透過符合民主與法律程序的公投方式呈現在世人面前，爭取國際社會的理解與認同，為台灣謀求最大的國家利益。
民進黨立委賴清德在立法院召開記者會表示，譴責國親主導的公投審議委員會作出這種僭越民主的決定，現在藍綠兩陣營都提出重返聯合國的公投案，民進黨應想辦法讓以「台灣名義加入聯合國」的公投案繼續被納入討論，公投審議委員也沒有理由否決。
賴清德說，台灣最重要還是認同的問題，以台灣名義加入聯合國的公投，背後就代表著國家認同的第一步，到底要用台灣或中華民國，應該讓老百姓來決定，有了公投結果後，政治人物就應該閉嘴。
他說，在藍綠對抗這麼嚴重的氣氛中，大家已經不相信司法、行政和憲法，老百姓公投的意志應該就是最大的裁決者，若又忽然冒出個太上皇，台灣真的不知道要找誰來裁判。
台灣團結聯盟秘書長錢橙山表示，公投審議委員只能程序審查不能實質審查，無權以非程序原因駁回公投案，公審會做出違憲、違反人權的決議，台聯表達最強烈抗議。