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福爾摩沙酋長二號海釣船在日本沖繩縣多良間村水納島燈塔北方17公里處被日本第11管區海上保安本部巡視船發現，因為那裡很明顯的是日本的領海，巡視船於是接近海釣船想要進行檢查，但福爾摩沙酋長二號就逃走了，經過六小時的追逐，日本的巡視船在石垣島平久保埼燈塔北北西約73公里處攔截，並逮捕了船長。
水納島燈塔北方的17公里約9海浬，是日本的領海。
石垣島平久保埼燈塔北北西的73公里約39~40海浬，是日本的經濟海域。

中央社的報導雙方僵持的地點更接近石垣島：

......兩國船艦約在石垣島北方25浬處形成僵持現象，由於日方巡防艇擦撞台灣艦艇，情勢一度緊張，台灣海巡人員也登上「福爾摩沙酋長2號」，形成對峙局面......

25海浬約46公里。

但是台灣媒體的報導集中在強調釣魚台，列出幾個以釣魚台為標題的新聞連結：
爭釣魚台 台日近年關係緊張
海釣船遭日方登檢 學者：釣魚台主權爭議
釣魚台爭議　聯合號船長籲政府捍衛主權
釣魚台爭議再起 藍綠委：政府應嚴正表立場
釣魚台海釣船爭議 9釣客今晚返蘇澳漁港
釣魚台海域具爭議性　台灣軍艦待命衝撞但不開火
釣魚台海域傳糾紛　外交部協調交涉
日海上保安部在釣魚台扣我漁船
公視新聞畫面：實際上，蘇澳、水納島、石垣島、釣魚台相關地理位置如下圖：
其他的新聞報導即使標題沒有釣魚台，內容也都提到釣魚台，例如公視新聞網這篇我海釣船疑越界 日扣留船員海巡隊也是說釣魚台海域又爆糾紛！
但是這篇報導中卻有一句耐人尋味的話：

......我外交單位表示希望這次的漁船爭議，不要拉高成為釣魚台爭議......

即使日本已經非常謹慎(不然不會追六小時)、即使跟釣魚台沒什麼關係，經過台灣媒體這樣一搞，不變成釣魚台爭議也難啊！